一、肿瘤类数据库 基因表达 1.UCSC（http://genome.ucsc.edu/） 基因组浏览器，根据基因组的位置、ID 等信息进行浏览。 2. Ensemble（https://asia.ensembl.org/index.html/） 对真核生物的注释上功能非常强大、全自动。 3.GEO（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds/） 数据库（表达/多芯片联合分析）【大杂烩】 4.TCGA，https://portal.gdc.cancer.gov/ 最权威的网站资源（数据可以无代码下载，当数据较大时也可以通过GDCRNAtools工具包下载） 可以用衍生网站，如UCSC Xena网站：http://xena.ucsc.edu/，集合TCGA，ICGC(International Cancer Genome Consortium/国际癌症基因组联合体)资源大成的数据库（数据可以无代码下载，也可以通过UCSCXenaTools工具包下载） cBioPortal:官网 http://www.cbioportal.org/ 5.Oncomine（https://www.oncomine.org/） 目前最大的癌症基因芯片数据库，里面不仅包含TCGA数据，还包括了其他有关的肿瘤的数据信息，非常全面（对于普通免费用户而言，里面的TCGA数据不支持批量下载，但是其他项目中肿瘤数据可以链接到GEO数据库中下载） 6.cBioportal（http://www.cbioportal.org/） （突变，临床信息，OS，network等） 一个基于TCGA数据库，进行可视化分析的网页，不需要代码，里面内容十分丰富，提供了最详细的TCGA在线分析展示。业界人称“TCGA数据挖掘终结者”。（数据可以无代码下载，也可以通过CGDSR工具包下载） 7.GEPIA 国人开发的TCGA数据库可视化网站，方便快速可视化肿瘤与癌旁组织的基因表达量 8.UALCAN(http://ualcan.path.uab.edu/) （综合） 9.Cosmic（https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic） Cosmic 最大的癌症基因突变数据库 10.GDSC：Genomics of Drug Sensitivity in Cancer （http://www.cancerrxgene.org/） 肿瘤耐药研究神器 11 Broad GDAC Firehose 官网http://gdac.broadinstitute.org/ 最人性化的TCGA R语言工具包下载 12 基于TCGA的蛋白芯片分析神器TCPA 官网http://www.tcpaportal.org/tcpa/ 13 基于TCGA的甲基化神器mexpress 生存预后 1.Oncolnc（http://www.oncolnc.org） 2.kmplot（http://kmplot.com/analysis） 3.GEPIA（http://gepia.cancer-pku.cn/detail.php） 4.SurvExpres（http://bioinformatica.mty.itesm.mx:8080/Biomatec/SurvivaX.jsp） 二、非肿瘤学数据库 综合 1.GEO（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds/） 数据库（表达/多芯片联合分析）【大杂烩】 2.MalaCards（http://www.malacards.org/） MalaCards 总结疾病相关信息，简便查询和了解疾病现状。 3.RGD Disease——http://rgd.mcw.edu/wg/portals/ 心血管系统 1.CVDHD（http://pkuxxj.pku.edu.cn/CVDHD/index.php） 收录了心血管系统疾病有关的35230种小分子药物以及2395蛋白、通路和分子标志物 2.CardioGenBase：http://www.cardiogenbase.com/ 有冠心病、高血压等6种 神经系统 神经系统（阿尔茨海默症AD）——AlzBase（http://alz.big.ac.cn/alzBase/home） 血管单细胞 血管单细胞数据库 （http://betsholtzlab.org/VascularSingleCells/database.html） 是研究脑血管和肺血管的强大数据库。 中药 1.TCM@Taiwan （traditional Chinese medicine@Taiwan）（ http://tcm.cmu.edu.tw/） 世界上最大的用于药物筛选的中药数据库 2.TCMGeneDIT：http://tcm.lifescience.ntu.edu.tw/ 收录的信息包括：中药、基因、疾病、成分和疗效 3.TCMID(Traditional Chinese Medicines Integrated Database)（http://www.megabionet.org/tcmid/） 4.BATMAN-TCM（http://bionet.ncpsb.org/batman-tcm/）【推荐】 小专题机制 miRNA 1.StarBase（http://starbase.sysu.edu.cn/） StarBase 是研究 IncRNA/circRNA/microRNA 常用的数据库 2.miRBase（http://www.mirbase.org/） 著名的 miRBase 数据库之一，为研究者免费提供 miRNA 序列注释、预测基因靶标等信息 3.TargetScan（http://www.targetscan.org/） lncRNA 1.lncRNAdb http://www.lncrnadb.org/ 2.NONCODE: http://www.noncode.org/ 3.LNCipedia: http://www.lncipedia.org/ 4.LncRNADisease: http://210.73.221.6/lncrnadisease 5.NRED:http://nred.matticklab.com/cgi-bin/ncrnadb.pl 表达数据库 6.linc2GO:http://www.bioinfo.tsinghua.edu.cn/~liuke/Linc2GO/index.html 7.lncRNome:http://genome.igib.res.in/lncRNome/ 8.starBase v2.0: http://starbase.sysu.edu.cn/ 9.LNCat：http://biocc.hrbmu.edu.cn/LNCat/ 10.RNAfold http://nhjy.hzau.edu.cn/kech/swxxx/jakj/dianzi/Bioinf4/miRNA/miRNA1.htm 11.lncRNASNP:http://bioinfo.life.hust.edu.cn/lncRNASNP 12.LncRNA2Target:http://www.lncrna2target.org/index.jsp 13.LncRNA2Function：http://mlg.hit.edu.cn/lncrna2function/ 14.LncRNAMap:http://lncrnamap.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php 15.Lnc2Cancer:http://www.biobigdata.net/lnc2cancer/ 共表达 1.COXPRESdb数据库网址:http://coxpresdb.jp 2.Coexpedia:http://www.coexpedia.org/
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